Девятилетняя Шэрон ДаСилва (Джодель Фёрланд) подвержена лунатизму. Во сне её мучают кошмары, в которых она оказывается в заброшенном городе Сайлент Хилл. Приёмная мать девочки, Роуз ДаСилва (Рада Митчелл) хочет отвезти её в этот город, чтобы Шэрон могла избавиться от кошмаров. Муж Роуз, Кристофер ДаСилва (Шон Бин), категорически против такого решения, однако Роуз всё равно везёт Шэрон в Сайлент Хилл. По дороге за ними пускается в погоню полицейская патрульная Сибил Бенетт (Лори Холден), подозревающая, что Роуз — очередной маньяк, везущий похищенного ребёнка в Сайлент Хилл, чтобы убить (Беннет уже сталкивалась с подобными случаями). В итоге они оказываются в Сайлент Хилл все вместе. При въезде в город странная фигура перебегает дорогу перед машиной Роуз; при попытке избежать столкновения та попадает в аварию. За ними врезается в ограждение и мотоцикл Беннет. Очнувшись после удара, который должен был убить обеих, Роуз обнаруживает, что её дочь исчезла. Под городом много лет бушует подземный пожар, из-за которого жители покинули Сайлент Хилл. С неба начинает падать пепел. ДаСилва принимается искать дочь и встречает Далию Гиллеспи (Дебора Ангер) — неухоженную и безумную женщину неопределенного возраста, которая тоже ищет свою пропавшую дочь.
Со временем Беннет, которая непостижимым образом тоже выжила после аварии (несмотря на то, что её мотоциклетный шлем разлетелся пополам от удара), настигает Роуз. Сначала она по-прежнему пытается арестовать Роуз, но позже начинает ей верить, особенно после того, как они сталкиваются с какими-то невероятными существами, больше всего похожими на порождение ночного кошмара — не то демонами, не то зомби. Существа эти появляются из непроглядной тьмы, которая регулярно накрывает Сайлент Хилл. Только чудом женщинам удается раз за разом оставаться в живых. Они следуют указаниям, которые находят в странных рисунках, похожих на рисунки Шэрон. А попытавшись вернуться за помощью, они обнаруживают, что на месте въезда в Сайлент Хилл теперь расстилается огромная расселина, на дне которой видны сполохи подземного пожара.
Затем они находят странную общину религиозных фанатиков, которые убеждены, что только непоколебимая вера способна спасти их от ужасов и гибели. Общину возглавляет Кристабелла (Элис Крайдж), которую считают пророком. Члены общины пытаются помочь Роуз найти её дочь, но постепенно Роуз открывается страшная правда — именно Кристабелла виновна в участи, постигшей город много лет назад.
Кристабелла и её последователи пытались изгнать дьявола из маленькой Алессы Гиллеспи, дочери Далии. Они страшно обожгли девочку, а заодно вызвали уничтоживший город подземный пожар. Ненависть и мучения Алессы разделили её натуру на темную половину (Девочку-Демона) и светлую, которая воплотилась в Шэрон, внешне — абсолютную копию Алессы, только на несколько лет моложе. Вот почему Шэрон вспоминала Сайлент Хилл в своих снах. Демон-Алесса преследует Кристабеллу, которая убеждена, что осталась единственной силой, способной противостоять Апокалипсису. Она не знает (или не хочет знать), что никакого Апокалипсиса нет, а есть только ад, на который она и члены её общины обрекли себя сами.
В это время Кристофер ДаСилва пытается попасть в Сайлент Хилл, где пропали его жена и дочь. Инспектор Томас Гуччи (Ким Коатс) сначала пытается ему воспрепятствовать, но затем ведет его по городу, где нет никаких следов пропавших. Фильм довольно наглядно показывает, что Роуз и Сибил существуют в совсем другом слое реальности, чем Кристофер и Томас: поисковая группа идёт по спокойной залитой солнцем школе, а одновременно с тем Роуз и Сибил в той же школе в непроглядной тьме спасаются от жутких тварей. К тому же, Кристофер и Томас не видят при въезде в город никакой расселины. Не найдя ответов в Сайлент Хилл, Кристофер пытается выяснить правду, вламывается в закрытый архив, где хранятся полицейские протоколы из Сайлент Хилл, но узнает только, что его приемная дочь невероятно похожа на Алессу Гиллеспи, которую Гуччи когда-то спас от смерти на раскалённых углях общины Кристабеллы, хотя Алесса навсегда осталась инвалидом. В приюте, куда подкинули много лет назад Шэрон, ему отказываются рассказать об обстоятельствах появления девочки. Гуччи вынуждает его вернуться домой и обещает, что для спасения его родных будет предпринято всё возможное. Видно, что Гуччи знает о Сайлент Хилл гораздо больше, чем хочет рассказать (и, возможно, гораздо больше, чем ему хотелось бы знать). Кристофер вынужден подчиниться.
Кристабелла случайно видит медальон Роуз с портретом Шэрон и узнаёт в ней Алессу. Она начинает преследовать Роуз и Беннет. Беннет попадает в руки фанатиков, которые сжигают её заживо (сжигание полностью показано на экране). В это время Роуз пробивается через заселённый монстрами старый госпиталь, где, в последней комнате, она находит настоящую Алессу и Девочку-Демона. Последняя рассказывает Роуз всю историю ада Сайлент Хилл и предлагает сделку: женщина помогает Демону проникнуть в собор, где запираются на время тьмы сектанты, а Демон взамен помогает спасти Шэрон. Самостоятельно Демон неспособна войти в собор — слепая вера фанатиков является для неё непреодолимым заслоном. Однако Роуз может пронести Демона в себе.
Тем временем Кристабелла готовит огненный экзорцизм и для Шэрон, которую она обнаружила прячущейся у Далии. Роуз приходит в собор как раз в то время, когда девочку готовятся опустить в костёр. Роуз кричит Кристабелле, что её Апокалипсис — выдумка, что мир продолжает существовать, и только она виновата в проклятии, постигшем Сайлент Хилл. Кристабелла ударяет Роуз ножом. Но вместо крови из тела Роуз выходит Алесса-Демон. Она вызывает из подземного огненного ада прикованную к больничной кровати обгоревшую и повзрослевшую Алессу. Вместе они уничтожают всех фанатиков (Кристабеллу разрывают на части нити живой колючей проволоки).
Роуз и Шэрон отправляются домой. Но они по-прежнему существуют в другом слое реальности, о чём свидетельствует не только то, что они не могут видеть Кристофера, но и белёсый пепельный туман Сайлент Хилл.
